Al principio del juego, el rey Julien narra en un video cómo conoció a los "Gigantes de Nueva York" (Alex, Marty, Melman y Gloria) y cómo ayudó a librar a los lémures de los fosas. Por lo tanto, antes de que ellos regresen a Nueva York, Julien les pide realizar algunas misiones a la vez que toma fotos para recordarlos. Después de eso, se preparan para el vuelo en un avión viejo reparado por los pingüinos y logran despegar con más o menos... éxito.

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