El juego presenta tres niveles a través de los cuales el movimiento del jugador se automatiza en un camino predeterminado. Sin embargo, a diferencia del primer Virtua Cop, en ciertos puntos el jugador elige su ruta entre dos opciones posibles. Es tarea del jugador disparar a los criminales que aparecen antes de que se acabe el tiempo y ellos respondan, mientras se cuidan de no disparar a ningún civil inocente.

En el camino hay varios objetos que pueden romperse si se les dispara, algunos de los cuales revelarán poderes después. Al igual que con el primer Virtua Cop, los jugadores ganan puntos extra por "tiros de justicia", lo que significa disparar la mano de un enemigo para desarmarlos sin matarlos. Al derrotar constantemente a los enemigos sin recibir golpes ni disparar a rehenes, el jugador aumenta el multiplicador que se aplica cada vez que gana puntos. Al final de cada nivel hay una batalla contra un jefe, así como una batalla de jefes final después de que se hayan completado los tres niveles.

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