Expediente X

La historia se centra en los extraterrestres, la trama principal de The X-Files. Los acontecimientos se desarrollan dentro de la cronología de la serie The X-Files en su tercera temporada. La historia comienza en Seattle con el joven agente del FBI Craig Willmore (interpretado por Jordan Lee Williams) que es asignado por el director adjunto Walter Skinner a investigar la desaparición de los agentes Fox Mulder y Dana Scully que fueron vistos por última vez en la zona de Everett, Washington.

El agente Willmore deberá emplear diversos artilugios entre los que se encuentran gafas de visión nocturna, una cámara digital, una PDA Apple Newton, un kit de huellas dactilares, un revólver, unas esposas y su placa para seguir su rastro. A lo largo del camino, se une a los detectives del Departamento de Policía. Uno de ellos, Mary Astadourian (interpretada por la actriz Paige Witte) entabla una cierta relación argumental con el protagonista.

Varios de los actores de la serie de televisión repiten sus papeles habituales en el juego. Lo que incluye a David Duchovny (Mulder), Gillian Anderson (Scully), Mitch Pileggi (Skinner), Brendan Beiser (Agente Sean Pendrell), y Steven Williams (X). El juego está ambientado y filmado en la ciudad de Seattle y sus alrededores, justo antes de comenzar el rodaje de la película.