Pues lo único que se me ocurre sería remapear los controles del DOSBox. Puedes asignar tus controles del mando a "teclas virtuales" del DOSBox. Para ello, sólo tienes que apretar Ctrl+F1 mientras estés jugando y verás todos los controles disponibles.
Ojo, esto es a nivel del emulador, no a...