No es nada extraño, has instalado el juego en Archivos de Programa, y eso en Windows 10 no es recomendable, da problemas con muchos juegos, y que sean repack no tiene nada que ver con esto XDDD, si instalas el juego en otro sitio como C:\Colonization podrás comprobar que DOSBox es capaz de salvar las partidas donde debe, en la carpeta COL del directorio de instalación, pero al instalar el juego en Archivos de Programa, DOSBox se encuentra con un problema (creo que de permisos) y no puede guardar en esa carpeta, aquí es donde entra el maravilloso windows que "traslada" a esa otra carpeta el save, por suerte funciona y todo XDDDDD
Hay juegos que ni siquiera inician, hay juegos que dan error al guardar, y hay juegos que hacen esto si se instalan en Archivos de Programa, y repito, da igual usar un repack, una iso, o un zip descomprimido, el problema seguirá siendo el mismo XDDD
Edito: Esto con Windows 7 no pasaba XDDDDD