He intentado ayudarte igual que por privado, y veo que me vas a marear igual que hiciste por privado con los final fantasy, y que por lo que sea, ni te explicas bien, ni quieres enterarte de lo que se te comenta, así que, lo lamento, pero lo dejo aquí XDDDD, solo te diré una ultima cosa...
Lo primero, si para ti, un mando que tiene 22 años, es un mando moderno... pues háztelo mirar un poquito XDDDDD, lo segundo, remapear/configurar las teclas se ha hecho desde el principio de los tiempos de los mandos, muchiiiiiisimos juegos, obviamente no todos, pero muchisimos de ellos, mediante su configuración original, te permiten decirle al juego que quieres, por ejemplo, el salto en el botón B en lugar de en el boton A, nada mas, eso no cambia lo nativo o lo no nativo, o la natividad graciosa del mando en cuestión XDDD, además de eso, si usar un mando de gamecube, mediante un adaptador, en un emulador y en juegos de MSDOS es "nativo" para ti, pues lo mismo que antes, haztelo mirar un poco XDDD
Ya te he dicho que a mi uno de XBOX S, que ese si es moderno, y un 8bitdo que es para switch y pc, que también es moderno (estos si son mandos modernos XDDDD) funcionan sin problemas, así que piensa en ello, si te molestaras en probar, simplemente probar lo que te he dicho con DOSBox, quiza hubieras arreglado el problema, y si no, se podría tocar la configuración de DOSBox en otro apartado que en el tutorial no se nombra, y vuelvo a repetir, configurar las teclas al gusto no tiene nada que ver con nativo ni no nativo.
Una ultima cosa, no esta bien ir por ahí pidiendo ayuda y luego marear, ignorar y hacer perder el tiempo a quien intenta ayudarte (como paso con los Final Fantasy), con tonterias como que quieres jugar con mandos nativos "sin mapear", que tendrá que ver nada de eso si solo se te ha pedido que intentes configurar los botones a tu gusto como se ha hecho toda la vida, en fin, un saludo, y que tengas suerte.